牡丹江出入境检验检疫局成立于1999年12月，系根据国务院国家机关机构改革方案，由原中华人民共和国牡丹江进出口商品检验局、中华人民共和国牡丹江动植物检疫局、中华人民共和国牡丹江卫生检疫局合并组成，隶属黑龙江出入境检验检疫局垂直管理。承担牡丹江市区及海林、宁安、穆棱、林口县所辖区域的出入境卫生检疫、动植物检疫、商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法机构。主要职责是依照《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》、《中华人民共和国食品卫生法》及有关法律、法规实施进出口商品检验、进出境动植物检疫和国境卫生检疫。