上海市松江区疾病预防控制中心成立于2000年2月，是政府实施对社会疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的职能机构。现有编制人员116人，其中卫技人员99人，高级技术职称5人，中级技术职称46人。主要工作任务是承担传染病和慢性非传染性疾病的预防控制工作和突发公共卫生事件应急处置等。是全区疾病预防控制、卫生监测检验、公共卫生、科研培训、健康教育的技术指导中心。

自区疾控中心成立后，建成了协同办公系统，实现了与市疾控中心、区内各医院和社区卫生服务中心的网络连接，达到了信息资源的共享，大大提高了工作效率。自我研发了IC卡儿童计划免疫信息管理系统，形成一套规范、科学、高效、能适应时代发展的计划免疫管理模式。松江区居民健康档案实现了长效动态管理。在公共卫生三年行动计划内，中心又建成了视频会议系统、应急指挥系统，实验室还配备了等离子电感耦合发射光谱仪、流动注射分析仪、高压液相色谱仪等高精密仪器，实现了对食品、水质、公共场所、职业卫生、消毒等微生物和理化项目的定性定量分析，使松江区的疾病预防控制能力和水平得到全面提高。