该局主要承担巴州出口番茄酱、香梨、辣椒酱、杏酱、棉花、棉纱、棉坯布、池沼公鱼、甘草制品、橡胶轮胎、木质包装材料以及塔里木油田进口石油专用管材，成套设备和巴州进口设备等检验检疫与监管工作。番茄酱、辣椒酱，杏酱是巴州传统的出口产品，随着巴州特色农产品加工产业建设步伐的加快，种植规模不断扩大，该局追溯源头抓管理，建立了大宗出口食品原料基地登记备案和出口食品添加剂备案管理制度。为打造出口质量安全的长效机制，2008年该局还将对所有出口食品，农产品原料基地实行备案注册管理，把影响产品质量的所有因素、所有环节全部纳入监管范围，确保产品质量和食品安全。