义乌出入境检验检疫局前身为义乌进出口商品检验局，建于1995年。1999年，根据国务院机构改革方案，原国家进出口商品检验局、国家动植物检疫局、国家卫生检疫局“三检”职能合一，组建新的出入境检验检疫局。中华人民共和国义乌出入境检验检疫局，于1999年11月15日正式挂牌，是负责义乌市所辖区域内的出入境卫生检疫、动植物检疫、进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法单位，是浙江出入境检验检疫局设在义乌的分支机构，实行垂直管理体制。义乌出入境检验检疫局内设办公室、法制处、综合业务处、卫生与食品检验检疫处、动植物检验检疫处、机电轻纺检验处、市场商品检验检疫处、检务处、政工处、财务处等10个科室，并设有综合技术服务中心、浙江国际旅行卫生保健中心义乌分中心和中国检验认证集团浙江有限公司义乌分公司等机构。